毛发移植的手术过程是非常辛苦的过程，多采用人工方式处理。时间较长。在手术之前须做好充分的心理准备。手术的大体过程可以分为四部进行。
1.发型设计 首先设计整体发型线及移植部位的发型。测量仪在后枕部测量头发的密度，根据每平方厘米头发的数量，算出所提取毛囊组织的面积
2. 毛囊的提取 清洁头皮后，医师在后枕部进行局部麻木注射，提取移植的毛囊。
3.分离毛囊：
这一部份较关键也较辛苦，目前仍然以人工方式处理，皮辧取下以后，必须分离出一株株的毛囊单位。 分离时间愈短毛囊移植后的存活率愈高，也需要精细的技巧， 避免在分离时伤害到毛囊。用自动植发器来加速植发的速度，一直是植发学界期待的目标，可是机器固定的大小切割下去，常伤到毛囊，更无法以自然的毛囊单位分割。因此为了得到较好的植发效果，目前还是采用人工分离毛囊的方式。
4.将毛囊植入头皮：
这又是很伤眼力的工作，医师必须先在前额秃发区作显微切口，再将毛发一株一株植入。目前还是以人工植入的存活率，密度，这需要相当的技术，种坏了就无法补救。
于自动植发机，是很多植发医师的梦想，但是植发机在于做毛囊发株自动分割时，毛囊损伤率高达百分之卅左右，会造成毛发死亡，目前并不是可行的方式。所以目前植发还是要依靠人力密集的作业。
