激光脱毛较常见的并发症是术后局部红斑和毛囊性水肿，多可在数小时后自行消退。少见的并发症是局部结痂、紫癜、水疱、色素沉着或色素减退、皮脂分泌增加。组织学研究显示，脱毛激光并不影响真皮和胶原，因此不会导致皮肤结构的改变。但潜在的并发症，如褐黑素受光照后生成的自由基是否会产生潜在的慢性危险，尚待进一步证实。
由于正常皮肤中的黑素细胞对波长为694nm及755nm的激光吸收很强，而毛囊周围的正常组织对其吸收很弱，这对治疗含有黑素细胞较少并具有黑色毛发的白种人疗效好，对黄种人则可引起皮肤暂时性色素改变。皮肤色素的改变可能与皮肤色素细胞接受激光后引起的变化有关，可能存在多个环节的影响，但主要是黑素合成的刺激或抑制，而不是黑素细胞的破坏，因此多数可以在6～8周内消退，很少需要特殊治疗。色素改变的亚临床变化更为多见。为了程度地减少色素沉着，可对皮肤进行漂白，并在治疗后3个月内应防止过度暴晒，在户外活动前使用SPF（防护系数）＞15的防晒霜。
瘢痕形成多是因为治疗剂量过大导致皮肤热损伤过重、或治疗区继发感染、或是瘢痕体质和患有其他疾病如糖尿病等。如治疗红斑持续时间长，可涂抹皮质激素类软膏。对结痂和水疱应注意加以保护，以防继发损伤和感染。
减少并发症发生的关键是选择好受术者和认真的操作。应根据受术者肤色选择好能量并使用冷却装置。皮肤对激光的承受能力与皮肤颜色成反比，肤色深者，激光能量一般要降低。对皮肤较黑或暴晒过多的受术者术前4～6周使用2%～4%的氢醌或视黄酸，并注意防晒。氢醌只影响真表皮交界和沿毛鞘远侧的黑素而不影响毛鞘近侧、毛隆突部及毛球区的色素，所以并不影响治疗效果。
激光脱毛术后不良反应的发生，主要与能量密度和表皮中的黑素含量有关。此外，波长也是一个重要因素，波长越短，被表皮黑素吸收的能量也越多，因此更易引起表皮损伤。不良反应的发生还与季节变化、治疗部位和日光照射等有明显关系，遵守术前术后的指导和正确的操作，可使不良反应减较小。
